Instrucción 1/2009: Criterios para la aplicación de la integración de las extintas escala masculina y femenina del Cuerpo de Ayudantes de Instituciones Penitenciarias.
Instrucción 3/2009: Modificación de la Instrucción 11/2007 sobre unificación de las oficinas de régimen y tratamiento.
Instrucción 4/2009: Modificación de la Instrucción 12/2006 sobre programación, evaluación e incentivación de actividades y programas de tratamiento.
Instrucción 5/2009: Procedimientos administrativos: registro de documentos, citaciones y comunicaciones.
Instrucción 6/2009: Implantación del programa de Gestión interior de Centros.
Instrucción 7/2009 TyG: Instrucción para las conducciones de internos a órganos judiciales, hospitales y otros lugares con custodia de las Fuerzas de Seguridad del Estado.